Anwendung eines Text-Mining- Tools für die Nutzung von Pathologiedaten in der Überwachung und Früherkennung von Tierkrankheiten
Kontaktperson: Gertraud Schüpbach
Laufzeit: 2014 - 2017
Wie in der Schweizer Tiergesundheitsstrategie 2010+ festgehalten, sollten Methoden zur Früherkennung von Tierkrankheiten basierend auf in nationalen Datenbanken gespeicherten Tiergesundheitsdaten in Überwachungsprogramme einfliessen. Daten von post mortalen Untersuchungen, welche über pathologische Instituten erhältlich sind, werden jedoch oftmals wenig beachtet, obwohl sie wertvolle Informationen über Todesursachen und weitere Gesundheitsindikatoren für diverse Tierspezies liefern. Zusätzlich zum Wert dieser Informationen für Tierärzte und Landwirte im Hinblick auf eine Bestandesdiagnose und mögliche Behandlungen wären systematische Auswertungen solcher Sektionsdaten wichtig für nationale und internationale Früherkennungssysteme.
Die akademischen Pathologieinstitute der Vetsuisse Fakultät bieten momentan den grössten Teil der Sektionsdiagnostik für den landwirtschaftlichen Sektor in der Schweiz an. Das Ziel dieses Projektes ist es, die in pathologischen Instituten erhobenen Daten in Form von Sektionsberichten für epidemiologische Überwachungsprogramme, insbesondere für die Früherkennung von neu auftretenden Syndromen oder Erkrankungen, nutzbar zu machen. Hierfür werden wir automatisierte Text-mining und Syndrom-Klassifizierungs-Werkzeuge entwickeln um 1) relevante Informationen aus überwiegend als Freitextdokumenten abgespeicherten Sektionsberichten, ohne aufwendige Expertenbegutachtung, extrahieren zu können und 2) pathologische Veränderungen in Syndromgruppen einzuteilen und so die Effizienz einer Syndromüberwachung steigern zu können.
In einem zweiten Schritt werden diese Werkzeuge auf bestehende Pathologiedaten angewandt um die Praxistauglichkeit einer Syndromüberwachung mittelsautomatisierter Auswertung von Sektionsdaten zu testen. Zusätzlich können aufgrund dieser Ergebnisse Empfehlungen für den Aufbau oder die Verbesserung von Pathologie-Datenerfassungssystemen, die eine automatisierte Auswertung.
